On lui reprocha son expansionnisme qui avait causé une nouvelle vague d'attaques iroquoises sur les avant-postes français. À son départ, la colonie se retrouva en bien mauvaise position, presque sans défense et en grand danger. Le début d'une nouvelle guerre entre la France et l'Angleterre n'améliora pas les choses. Le 4 août 1689, les Iroquois attaquèrent Lachine, massacrèrent un grand nombre d'habitants sans défense et détruisirent plusieurs fermes.
De retour en France, Frontenac tenta de convaincre Louis XIV de lui donner une nouvelle chance. Ses créanciers avaient saisi la plupart de ses propriétés et il se retrouva en bien mauvaise posture. En 1688, on commença à mettre sur pied un plan d'attaque de New York, ce qui empêcherait ainsi les Anglais de fournir les Iroquois en armes et mettrait fin aux attaques de ceux-ci. Dès que l'Angleterre déclara la guerre à la France, le roi accepta le projet et Frontenac fut nommé commandant de l'expédition et à nouveau gouverneur de la Nouvelle-France. À cause de plusieurs délais, Frontenac n'arriva à Québec qu'en octobre 1689 et l'attaque fut abandonnée, faute de temps.
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